Miljödomstolen kan fastställa ändrade eller nya bestämmelser om innehållande och tappning av vatten efter ansökan av annan än tillståndshavaren, om han vill utnyttja vattenkraften i sitt strömfall bättre, eller efter ansökan av en kommun eller ett vattenförbund som vill tillgodose den allmänna miljövården eller hälsovården eller främja fisket. Till förmån för allmänna farleder, allmänna hamnar, bevattnings- och markavvattningssamfälligheter samt avloppsföretag kan sådana bestämmelser fastställas på ansökan av huvudmannen.

Bestämmelser om att tillstånd krävs för vissa verksamheter och åtgärder finns i 7 kap. 28 a–29 b §§ miljöbalken.